Una ventaja de un modelo físico de bola y palo sobre uno gráfico es la comprensión espacial y la manipulación mejorada
. . Puede rotar físicamente y manipular el modelo para visualizar la molécula desde diferentes perspectivas y comprender mejor su estructura tridimensional y su relación entre los átomos. Esto es más difícil de lograr con representaciones 2D estáticas o incluso con modelos 3D interactivos en una pantalla, especialmente para moléculas complejas.
