En cambio, la funcionalidad de un microscopio moderno, especialmente los avanzados, se controla por:
* Software integrado: Los microscopios sofisticados a menudo tienen un software integrado (firmware) que se ejecuta en un microcontrolador o procesador similar dentro del microscopio en sí. Este software controla las funciones básicas como el enfoque, el movimiento escénico, la intensidad de la iluminación y, a veces, incluso la captura de imágenes en un nivel muy básico.
* Software de computadora: Operaciones más complejas, procesamiento de imágenes, análisis de datos y características de control avanzadas generalmente requieren una computadora que ejecuta un software especializado. Este software se conecta al microscopio (a menudo a través de USB, Ethernet u otras interfaces) y actúa como una interfaz entre el usuario y el hardware del microscopio. El software, no un sistema operativo dentro del microscopio en sí, proporciona la interfaz de usuario y los controles. Este software puede ejecutarse en Windows, MacOS o Linux.
En resumen, el control de un microscopio se logra a través de una combinación de firmware integrado y software de computadora, no un sistema operativo de microscopio dedicado.