La fragmentación ocurre cuando los archivos se guardan, modifican y eliminan repetidamente, lo que genera fragmentos de archivos dispersos en diferentes sectores del dispositivo de almacenamiento. Los discos duros tienen cabezales mecánicos que leen y escriben datos físicamente en sectores específicos, por lo que la fragmentación puede provocar mayores tiempos de búsqueda y un menor rendimiento.
Las unidades flash, sin embargo, utilizan celdas de memoria flash que almacenan datos electrónicamente y carecen de partes móviles. Accede a los datos directamente sin necesidad de movimientos mecánicos. Como resultado, las unidades flash no son susceptibles a la fragmentación del mismo modo que los discos duros.
Por lo tanto, la desfragmentación no es necesaria para las unidades flash, e intentar desfragmentarlas puede reducir su vida útil debido a ciclos de escritura innecesarios. Las unidades flash funcionan de manera diferente y no experimentan problemas de rendimiento causados por la fragmentación como las unidades de disco duro tradicionales.