* Distribuciones de Linux: Muchas supercomputadoras dependen de distribuciones de Linux altamente personalizadas, a menudo adaptadas para entornos de computación de alto rendimiento (HPC). Estas distribuciones están optimizadas para el procesamiento paralelo, administrar grandes cantidades de procesadores y núcleos, y manejar conjuntos de datos masivos. Los ejemplos incluyen Cray Linux Environment (CLE) y varias distribuciones basadas en Red Hat Enterprise Linux (RHEL) o CentOS.
* Otros sistemas operativos especializados: Si bien ahora es menos común que Linux, se usaron históricamente otros sistemas operativos especializados, a menudo desarrollados por los propios proveedores de supercomputadoras.
El sistema operativo no es la característica definitoria de una supercomputadora. Son las capacidades de procesamiento paralelas masivas, las redes de alta velocidad interconectadas y el hardware especializado (como GPU e interconexiones personalizadas) lo que realmente las distinguen. El sistema operativo es un componente crucial que permite el uso efectivo de este hardware.