Los motores de almacenamiento más utilizados y sus organizaciones de archivos asociadas son:
* innodb: Este es el motor de almacenamiento predeterminado en la mayoría de las versiones MySQL. Utiliza un índice agrupado, lo que significa que los valores clave primarios se agrupan físicamente juntos en el disco. Esto mejora el rendimiento de las consultas que usan la clave principal. Los datos se almacenan en un conjunto de archivos:espacio de tabla del sistema, archivos de datos (archivos `.ibd`, uno por tabla, a menos que las tablas se coloquen en el espacio de tabla del sistema) y segmentos de reversión (para transacciones). No utiliza directamente organizaciones de archivos tradicionales como los árboles B de la misma manera que algunos sistemas de archivos más antiguos. La estructura interna es compleja y utiliza estructuras de árbol B para la indexación y una lista doblemente vinculada para un acceso de fila eficiente dentro de una página.
* myisam: Un motor más antiguo, en gran parte reemplazado por Innodb. Myisam usa archivos separados para datos e índices. Los datos se almacenan en un solo archivo, y cada índice se almacena en un archivo separado. Los índices de Myisam suelen estar basados en el árbol B. Es conocido por su rendimiento de lectura más rápido en comparación con innoDB, pero carece de soporte de transacciones y bloqueo de nivel de fila.
* memoria (o montón): Este motor almacena tablas en la memoria. La organización del archivo es menos relevante aquí, ya que los datos residen en la RAM y no es directamente persistente en el disco (a menos que use una configuración específica para escribirlos en el disco).
* Archivo: Utilizado para archivar datos. Utiliza una organización simple y solo de appetos, minimizando los gastos generales y la optimización para el rendimiento de la escritura. No está diseñado para lecturas frecuentes.
* CSV: Almacena los datos en archivos CSV (valores separados por comas). Este es un formato simple basado en texto.
En resumen, no hay una respuesta única a qué organización de archivos usa MySQL. La organización depende en gran medida del motor de almacenamiento elegido y sus detalles de implementación interna. InnoDB, siendo el valor predeterminado, utiliza una estructura interna compleja y optimizada, no una organización de archivos simple e identificable.