En el comienzo del juego , una misteriosa compañía llamada Abstergo secuestra a Desmond , colocándolo dentro de un dispositivo llamado el Animus le obligan a revivir los recuerdos de sus antepasados . Como Altair , Desmond viaja a Tierra Santa durante las Cruzadas , asesinando a los agentes templarios que están tratando de apoderarse del mundo . Cada agente que mata proporciona otra pieza del rompecabezas , que lo llevó más profundamente en las conspiraciones de sus adversarios y más cerca de la verdad.
Betrayal
Altair seguimiento del noveno Templar a la corte Tierra Santa de sí mismo rey Ricardo , matando a los Templarios en la presencia del Corazón de León . Con su último aliento , sin embargo , el Templario revela el verdadero jefe de la conspiración : propio maestro de Altair , Al Mualim . Al Mualim ha usado un poderoso artefacto llamado "Piece of Eden " para subvertir el orden de los Asesinos , y Altair tiene que volver a casa para enfrentar a su antiguo maestro y liberar a sus hermanos de su control. Con la ayuda de los pocos asesinos que conservan su libre albedrío , Altair se abre paso en la fortaleza sigilosamente , sólo para caer víctimas de extraños artefactos de Al Mualim , congelado en su lugar.
Batalla Final
al Mualim intenta hacer Altair aceptar que el control de la humanidad es el único y verdadero camino hacia la paz , pero Altair se niega a creer en la subversión de la voluntad libre . Al darse cuenta de que nunca va a convertir su alumno , Al Mualim envía un grupo de templarios a atacarlo , a raíz de que, con múltiples copias ilusorias de sí mismo. Altair derrota a cada uno de estos ataques, finalmente, frente al anciano solo. Al Mualim utiliza los poderes que alteran la mente de la pieza del Edén contra Altair durante toda la pelea , pero el asesino más joven consigue matar a su maestro y la toma de posesión del artefacto , que proyecta un mapa tridimensional de todo el mundo.
Unidos La clausura
Abstergo tira Desmond de los Animus , revelando que el mapa era su objetivo final. Ahora en la posesión de la ubicación de más piezas del Edén , un invisible órdenes superiores muerte de Desmond , pero el asistente Lucy argumenta que todavía pueden necesitar sus recuerdos. Se concede indulto de Desmond , y los empleados de Abstergo lo encierran en la instalación , de repente se empieza a ver los patrones de color rojo brillante en los pisos y las paredes de la habitación , gracias a una capacidad visual sólo Asesinos pueden dominar . El juego termina con Desmond reflexionar sobre el significado de estos símbolos y la identidad de la persona que los creó
.