* Muchos juegos propietarios: Si bien el número está disminuyendo gracias a iniciativas como Proton y Wine, una parte significativa de los juegos, especialmente los títulos AAA, se desarrollan principalmente para Windows. Las versiones de Linux, si existen, a menudo llegan mucho más tarde o no.
* Algunos software de edición de audio y diseño de audio/video: Adobe Creative Suite (Photoshop, Illustrator, etc.), al tiempo que ofrece cierta compatibilidad limitada a través del vino, no es compatible de forma nativa. Muchos otros DAWS de grado profesional (estaciones de trabajo de audio digital) y suites de edición de video también favorecen Windows o MacOS.
* Software empresarial específico: Ciertas aplicaciones utilizadas en grandes organizaciones o industrias específicas solo pueden tener versiones de Windows o MacOS debido a decisiones específicas de la empresa o infraestructura heredada.
* Algunos controladores de hardware especializados: Si bien Linux tiene un excelente soporte de controladores de código abierto para muchos dispositivos, siempre habrá hardware de nicho donde los controladores patentados solo existen para Windows o MacOS.
* Software más antiguo: Muchas aplicaciones heredadas nunca fueron portadas a Linux, dejándolas incompatibles.
Es importante tener en cuenta que la situación evoluciona constantemente. El vino y el protón (una bifurcación de vino específicamente optimizada para los juegos) están mejorando, lo que permite que muchas aplicaciones de Windows se ejecuten en Linux, aunque el rendimiento y la estabilidad pueden variar. Además, muchos desarrolladores crean cada vez más versiones nativas de Linux de su software. Sin embargo, la falta de una gran base de usuarios de Linux significa que la paridad completa con Windows y MacOS aún no es una realidad para todo el software.