* Alto costo: Los circuitos integrados, aunque más pequeños y más eficientes que los transistores discretos, aún eran caros de fabricar y comprar. Esto limitó su accesibilidad, principalmente a grandes organizaciones y gobiernos.
* Requisitos de aire acondicionado: El ICS, aunque más eficiente que las generaciones anteriores, todavía generaban calor significativo. Esto requirió sistemas especializados y costosos de aire acondicionado para mantenerlos funcionando de manera confiable. Esto se sumó al costo general y la complejidad de la operación.
* Software limitado: Si bien el desarrollo de software avanzaba, todavía era un campo relativamente joven. La gama de software disponible para computadoras de tercera generación fue menos extensa en comparación con las generaciones posteriores. La programación también era a menudo más compleja y lenta.
* Tamaño y consumo de energía: Aunque más pequeños que sus predecesores, las computadoras de tercera generación todavía eran relativamente grandes y consumieron una potencia considerable en comparación con las generaciones posteriores.
* Reparación y mantenimiento: Si bien más confiable que las computadoras anteriores, las reparaciones y el mantenimiento seguían siendo complejos y potencialmente costosos. Se requirieron técnicos especializados, lo que aumentó aún más al costo de propiedad.
* potencia de procesamiento limitada (en relación con las generaciones posteriores): Si bien es una mejora masiva sobre las generaciones anteriores, el poder de procesamiento de las computadoras de tercera generación es significativamente menor de lo que está disponible en las computadoras personales modernas.
Es importante recordar que estas desventajas son relativas a los avances tecnológicos posteriores. Las computadoras de tercera generación representaban un gran salto en la computación en ese momento, y sus limitaciones fueron superadas en gran medida por las generaciones posteriores.