* Potencia de procesamiento y memoria más bajas: Las microcomputadoras tradicionalmente tienen una potencia y RAM significativamente menor que las minicomputadoras, lo que limita su capacidad para manejar tareas complejas, conjuntos de datos grandes o múltiples usuarios simultáneamente. Si bien las PC modernas de alta gama son potentes, generalmente no alcanzan las capacidades de procesamiento de minicomputadoras de rango medio de su apogeo.
* Capacidad de almacenamiento limitada (históricamente): Si bien las capacidades de almacenamiento han aumentado dramáticamente para las microcomputadoras, históricamente, las microcomputadoras tenían mucha menos capacidad de almacenamiento que las minicomputadoras. Esto restringió el tamaño de bases de datos y aplicaciones que podrían ejecutarse.
* menos robusto y confiable (históricamente): Las minicomputadoras generalmente se construyeron para una mayor confiabilidad y tiempo de actividad, con características como componentes redundantes y sistemas de enfriamiento robustos. Las microcomputadoras tempranas eran más propensas a las fallas. Las microcomputadoras modernas han mejorado significativamente en la confiabilidad, pero aún así generalmente carecen del nivel de redundancia que se encuentra en los sistemas de grado empresarial.
* menos opciones periféricas (históricamente): Las minicomputadoras a menudo respaldaban una gama más amplia de periféricos e interfaces especializadas en comparación con las microcomputadoras tempranas.
* Mayor costo por unidad (para procesamiento de alta gama): Si bien las microcomputadoras individuales son relativamente económicas, lograr el poder de procesamiento de una poderosa minicomputadora requeriría un grupo de microcomputadoras de muy alta gama, lo que hace que el costo general sea considerablemente más alto.
Es importante tener en cuenta que la distinción entre microcomputadoras y minicomputadoras es en gran medida histórica. Las granjas de servidores modernas compuestas por muchas microcomputadoras pueden superar fácilmente a cualquier minicomputadora jamás construida. El segmento de mercado de minicomputadoras se ha ido esencialmente, absorbido por una tecnología de servidor más flexible y escalable basada en microprocesadores.