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Cómo extraer Unaligned lee un BAM

2014/1/7
BAM archivos son formatos binarios de lectores secuenciador. Almacenan datos científicos nucleótidos en un formato comprimido , mezclando ambos alineados y no alineados lee juntos. Se controlan con la función " bam2fastq " , un comando de computadora que viene instalado con muchos programas de secuenciación de nucleótidos ( también se puede obtener de forma gratuita . ) Para extraer los no alineados se lee desde un archivo de BAM , entonces, todo lo que necesita es el de Windows línea de comandos. Instrucciones
1

Type " bam2fastq " en la barra de búsqueda del menú Inicio para asegurarse de que tiene la herramienta ( no es necesario para abrirlo. ) Si no lo hace , obtener de forma gratuita en Recursos .
2

Tipo " cmd.exe" en la barra de búsqueda del menú Inicio. Haga clic en " cmd.exe " cuando aparece más arriba . Esto abre la línea de comandos de Windows
3

Tipo ". Bam2fastq - FILELOCATION.bam no alineados " (sin comillas) en la ventana de comandos
4

Reemplazar. " FileLocation " con la ubicación del archivo de BAM . Utilice el formato C: . . \\ Folder1 \\ Carpeta2 \\ File.bam "
5

clic en" Enter " Esto hará que aparezca una ventana de texto con el no alineado lecturas de ese archivo en particular BAM < . br>

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