* alto costo inicial: La tecnología era relativamente costosa de producir y comprar, limitando el acceso para muchas personas y organizaciones más pequeñas.
* Dependencia del software: Si bien la flexibilidad del software fue un avance importante, la dependencia del software complejo y a veces con buggy se convirtió en un punto de vulnerabilidad. Los bloqueos del sistema, los errores de software y los virus podrían causar interrupciones significativas y pérdida de datos. Esta dependencia también significaba que se requería experiencia especializada para mantener y operar los sistemas.
* Consumo de energía: Aunque más eficientes que las generaciones anteriores, todavía consumieron una cantidad notable de energía, especialmente en comparación con las generaciones posteriores. Este fue un factor tanto en el costo como en el impacto ambiental.
* potencia de procesamiento limitada (en relación con las generaciones posteriores): En comparación con el poder de procesamiento de las generaciones posteriores (quinto, sexto, etc.), las computadoras de cuarta generación tenían limitaciones. Las tareas que son comunes hoy en día habrían sido lentas o imposibles en la tecnología de la época. Esta limitación se aplicó tanto a la velocidad como a la capacidad de memoria.
* Generación de calor: Los microprocesadores generaron un calor considerable, que requiere sistemas de enfriamiento robustos. Esto se agregó al costo y la complejidad.
* Vulnerabilidades de seguridad: A medida que el software se volvió más sofisticado, también lo hizo las formas en que podría verse comprometido. La seguridad era una preocupación creciente y las soluciones efectivas aún se estaban desarrollando.
Es importante recordar que lo que se consideraba una "desventaja" a menudo era relativa a la tecnología disponible en ese momento. Muchos de los inconvenientes de las computadoras de cuarta generación fueron abordados por avances en miniaturización, tecnología de enfriamiento, potencia de procesamiento, ingeniería de software y protocolos de seguridad en generaciones posteriores.