* Sistemas de archivos: Los primeros Mac usaron el sistema de archivos jerárquico (HFS), luego evolucionando a HFS+. Las ventanas utilizadas (y aún usan en gran medida variantes de) el sistema de la tabla de asignación de archivos (FAT), inicialmente FAT12 y FAT16, luego NTFS posterior. Estos sistemas estructuraron archivos y directorios en el disco de manera diferente. Esto significaba que un disco formateado para un sistema operativo no era directamente legible por el otro.
* Entradas de línea: Los archivos de texto utilizaron diferentes caracteres para marcar el final de una línea. Macintosh usó un carácter de retorno de carro único (CR), mientras que Windows usó un retorno de carro seguido de una alimentación de línea (CRLF). Esto podría llevar a archivos de texto que aparecen confundidos o formateados incorrectamente cuando se abren en el otro sistema.
* Codificación de caracteres: Las primeras versiones de ambos sistemas operativos utilizaron diferentes codificaciones de caracteres (formas de representar caracteres de texto como números) para representar el texto. Esto frecuentemente dio como resultado caracteres que aparecen como galimatías o símbolos inesperados cuando se transfirió un archivo entre sistemas.
* Formatos de archivo: Si bien algunos formatos de archivo fueron relativamente agnósticos de la plataforma (como el texto sin formato, aunque incluso entonces las terminaciones de línea fueron un problema), muchos formatos de archivo específicos de aplicaciones (por ejemplo, documentos de procesamiento de palabras, hojas de cálculo) fueron propietarios y solo se pueden leer directamente por aplicaciones en su sistema operativo nativo. Esto significaba que un documento de Word creado en una Mac no se pudo abrir directamente en una versión de Windows de Word (y viceversa).
* Datos binarios y orden de byte: En algunos casos, la forma en que los datos binarios (como archivos de imagen, ejecutables, etc.) se almacenaron internamente diferían. Esto era particularmente relevante para el orden de los bytes (endianness), con algunos sistemas que almacenan datos en orden grande y otros en little-endian. Intentar abrir un archivo binario creado en un sistema utilizando un orden de bytes diferente podría conducir a datos corruptos o ilegibles.
Esencialmente, no se trataba solo del archivo en sí, sino de toda la forma en que el sistema operativo administraba y almacenaba datos en el disco. Con el tiempo, estas incompatibilidades se han reducido con el aumento de más formatos de archivo multiplataforma (como PDF, varios formatos de imagen), estándares mejorados de codificación de caracteres (como UTF-8) y herramientas que pueden traducirse entre sistemas de archivos y manejar diferentes finales de línea. Sin embargo, las aplicaciones y los archivos heredados todavía exhiben con frecuencia estas incompatibilidades.