El proceso generalmente involucra una célula donante que posee un plásmido conjugado (una molécula de ADN circular pequeña) y una célula receptor que le falta. La célula donante forma un pilus (un apéndice de proteína) que se conecta a la célula receptor. Luego se transfiere un solo hilo del ADN del plásmido a través del pilus al destinatario. Ambas células sintetizan la cadena complementaria, lo que resulta en ambas células que ahora poseen una copia del plásmido.
Es importante tener en cuenta que, si bien los plásmidos se transfieren comúnmente a través de la conjugación, el ADN cromosómico también se puede transferir, aunque esta es una ocurrencia menos común. La transferencia de ADN cromosómico a menudo implica secciones más grandes de ADN y puede alterar significativamente el genotipo de la célula receptor.